mirna靶基因分析(mirna靶基因验证技术路线)
用一些预测软件 ，例如TargetScanmiRDB等可以同时使用几个软件预测 ，挑选出重叠的靶标，进行靶标验证一般预测的靶标都是3#39UTR区有结合位点 ，因此通常使用双荧光素酶报告实验来证明是否真的是直接靶标然后通过mimicsinh。
有很多生物软件可以预测某个miRNA的靶基因 ，如TargetScan，mirBase ，PicTar ，结合miRNA芯片筛选确定靶蛋白后，通过overexpression或antisense改变该miRNA的表达量，QRTPCR及Western Blot检测相应蛋白含量的变化将预测靶蛋白的启动 。
2实时定量分析表明木薯中的7个miRNA受低温诱导表达 ，且它们在C4 ，和SC124品种中及不同的低温处理方式下都具有差异表达其中2个miRNAmiRNA5和miRNA2的靶基因在两品种和不同低温处理方式下也具有差异表达3 。
你指的是寻找miRNA的靶基因位点吗一般都是利用生物信息学软件进行预测，但这种预测都是有局限性的 ，比如miRNA可能会与靶基因之间产生错配 ，这样会丢失一些靶基因，另外预测的都未经过实验的验证 ，还需要进行实验的验证来去伪。
鉴定miRNA靶基因的最常用方法是依赖计算机算法 ，如TargetScanMiRanda和PicTar它们预测miRNA种子区的结合种子区seed region指的是miRNA上进化最为保守的片段，从第2个到第8个核苷酸 ，通常与mRNA 3’UTR上的靶位点 。
首先 ，构建荧光素酶表达载体，将希望鉴定的miRNA靶基因的3’UTR插入荧光素酶基因的3’UTR中 ，然后将构建好的重组载体转染到细胞中 ，并改变miRNA的表达水平，最后检测荧光素酶的表达情况，以分析3’UTR中是否含有miRNA的靶位点 。
d 可以利用miRNA sponge实现体内外loss of function研究e 可以用来检测luciferase靶基因报告系统分析f 可以自由组合串联不同miRNA抑制子序列 ，达到沉默多种不同miRNA的目的。
如何使用miranda进行mirna进行靶基因预测 目前更先进的方法是通过紫外线照射以交联复合物 ，然后开展深度测序以鉴定发现的RNA，这种方法被称为紫外交联免疫沉淀结合高通量测序HITSCLIP ，或CLIPseq利用这种方法来寻找miRNA的 。
8 miRNA与表达谱芯片平台的联合分析 miRNA与表达谱芯片平台的联合分析除了和甲基化与表达谱芯片分析类似外 ，还可以将miRNA预测的靶基因和表达谱芯片的差异基因取交集，进行miRNADiffGeneNetwork 。
